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LoliTrack5是一款超級(jí)快速直觀(guān)的Windows軟件,用于2D和3D視頻跟蹤和動(dòng)物行為分析。簡(jiǎn)單地,從你的相機(jī)加載一個(gè)視頻文件到軟件,并開(kāi)始跟蹤。跟蹤是基于對(duì)比或背景減法(不需要標(biāo)記),并且具有豐富的工具模塊可用于深入分析動(dòng)物行為。
獨(dú)特的是,LoliTrack5可以在處理遮擋(即交叉軌跡)時(shí)識(shí)別和跟蹤自由放散的群體,如魚(yú)群、蟲(chóng)群或群體中未標(biāo)記動(dòng)物等。
LoliTrack5 的應(yīng)用:
·微孔板分析(如對(duì)斑馬魚(yú)分析)
·行為表型(病灶動(dòng)物)
·嚙齒動(dòng)物試驗(yàn)(例如在迷宮或露天野外試驗(yàn))
·群體行為(如昆蟲(chóng)、浮魚(yú)和微生物)
·移動(dòng)行為(例如在籠子,水族館和野外)
·社會(huì)和性行為(如IID和動(dòng)物取向)
使用方式:
LoliTrack5適用于大多數(shù)相機(jī)和視頻文件格式。只需用相機(jī)錄制一個(gè)視頻文件,并將視頻加載到軟件中開(kāi)始跟蹤。該軟件也具有視頻錄制和編輯工具,使用方便,一站式解決。
使用標(biāo)配或自備的視頻采集設(shè)備采集到動(dòng)物的運(yùn)動(dòng)圖像,導(dǎo)入到LoliTrack5中進(jìn)行識(shí)別和分析,即可輸出分析數(shù)據(jù),可分析參數(shù)包括如:位置、速度、加速度、方向、旋轉(zhuǎn)等。
產(chǎn)品特點(diǎn):
1.同時(shí)追蹤1-24只動(dòng)物(一個(gè)單位容器)
2.支持多個(gè)單位容器同時(shí)追蹤,如24、48、96孔板等
3.兼容大多是相機(jī)和視頻格式
4.具有豐富的分析工具集,可分析20+個(gè)數(shù)據(jù)參數(shù)
5.確定具體的身體點(diǎn)進(jìn)行運(yùn)動(dòng)和運(yùn)動(dòng)學(xué)研究
6.生成并導(dǎo)出數(shù)據(jù)參數(shù)和分布熱圖
7.具有可定制圖形的深度分析工具
8.可用頻率分析估計(jì)心率和鰓頻率
9.真正的三維跟蹤導(dǎo)出坐標(biāo)和三維路徑
10.批量分析多個(gè)視頻,節(jié)省時(shí)間
分析參數(shù):
1.加速度
2.移動(dòng)距離
3.速度和速度
4.激*/非激*時(shí)間和%
5.到區(qū)域中心的距離
6.在區(qū)域中花費(fèi)的時(shí)間和百分比
7.運(yùn)動(dòng)方向和方向
8.轉(zhuǎn)動(dòng)速度:移動(dòng)或方向的轉(zhuǎn)動(dòng)速度
9.動(dòng)物到區(qū)域中心的距離
10.個(gè)體間距離(IID)
11.平均個(gè)體間距離(AIID)
12.個(gè)體間距離中位數(shù)(MIID)
13.*近鄰距離(NND)
14.彎曲(即身體擺動(dòng)的角度,如尾拍頻率等)
15.前、后、中線(xiàn)中心和重心的原始和校準(zhǔn)的X/Y位置
軟件功能示例:
可以選擇單個(gè)的動(dòng)物進(jìn)行跟蹤和分析,而不是必須跟蹤所有的動(dòng)物。自定義名稱(chēng)和標(biāo)簽顏色,便于識(shí)別。還可以在視頻時(shí)間軸上選擇用戶(hù)自定義的時(shí)間間隔,以排除特定的視頻片段進(jìn)行跟蹤。
如果您想要分析特定感興趣區(qū)域內(nèi)的動(dòng)物行為,可以直接在視頻預(yù)覽中繪制任意數(shù)量的區(qū)域。對(duì)每個(gè)區(qū)域的行為進(jìn)行評(píng)分,并自動(dòng)導(dǎo)出每個(gè)區(qū)域的統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)。
識(shí)別特定的身體點(diǎn)(尾巴、頭部、中線(xiàn)中心、重心),并可以單獨(dú)跟蹤每個(gè)點(diǎn),用于研究運(yùn)動(dòng)學(xué)(尾部拍頻、身體振蕩等)或特定行為(方向或運(yùn)動(dòng)方向、轉(zhuǎn)彎速率等)。其他有用的工具包括根據(jù)位置、速度、加速度、活動(dòng)和轉(zhuǎn)彎速率生成動(dòng)物的中線(xiàn)和熱圖。
您可以將所有數(shù)據(jù)參數(shù)導(dǎo)出為.xlsx文件到Excel,只需單擊一次。導(dǎo)出每個(gè)參數(shù)或選擇你需要的參數(shù)。在導(dǎo)出的文件中,您
可以獲得單個(gè)動(dòng)物、動(dòng)物組以及每個(gè)用戶(hù)定義的測(cè)試單元和區(qū)域的分析數(shù)據(jù)和原始數(shù)據(jù)。在LoliTrack5中,一些參數(shù)也可以作為可定制或作為圖形導(dǎo)出。
通過(guò)兩個(gè)攝像頭或文件(立體技術(shù)),LoliTrack5提供了在空氣或水中的焦點(diǎn)動(dòng)物的真實(shí)3D視頻跟蹤,考慮到空氣到水的光傳輸因素。坐標(biāo)以及軌跡的數(shù)字3D模型可以以不同的格式導(dǎo)出,以便在其他軟件包中進(jìn)一步可視化或分析。
相關(guān)文獻(xiàn):
1) Alcaraz A J G, Baraniuk S, Mikulá?ek K, et al. Comparative analysis of transcriptomic points-of-departure (tPODs) and apical responses in embryo-larval fathead minnows exposed to fluoxetine[J]. Environmental Pollution, 2022, 295: 118667.
2) Di Cicco M, Di Lorenzo T, Fiasca B, et al. Effects of diclofenac on the swimming behavior and antioxidant enzyme activities of the freshwater interstitial crustacean Bryocamptus pygmaeus (Crustacea, Harpacticoida)[J]. Science of the Total Environment, 2021, 799:149461.
3) Wang X, Cheng E, Burnett I S, et al. Automatic multiple zebrafish larvae tracking in unconstrained microscopic video conditions[J]. Scientific reports, 2017, 7(1): 17596.
4) Henry J, Rodriguez A, Wlodkowic D. Impact of digital video analytics on accuracy of chemobehavioural phenotyping in aquatic toxicology[J]. PeerJ, 2019, 7: e7367.
5) 劉慧杰, 王從鋒, 劉德富, 等. 不同運(yùn)動(dòng)狀態(tài)下鳙幼魚(yú)的游泳特性研究[J]. 南方水產(chǎn)科學(xué),2017, 13(2): 85-92.
6) Cruz-Rosa S, Pérez-Reyes O. Titanium Oxide Nanoparticles as Emerging Aquatic Pollutants: An Evaluation of the Nanotoxicity in the Freshwater Shrimp Larvae Atya lanipes[J]. Ecologies, 2023, 4(1): 141-151.
7) Rountos K J, Gobler C J, Pikitch E K. Ontogenetic differences in swimming behavior of fish exposed to the harmful dinoflagellate Cochlodinium polykrikoides[J]. Transactions of the American Fisheries Society, 2017, 146(5): 1081-1091.
8) Nay T J, Johansen J L, Habary A, et al. Behavioural thermoregulation in a temperature-sensitive coral reef fish, the five-lined cardinalfish (Cheilodipterus quinquelineatus)[J]. Coral Reefs, 2015, 34: 1261-1265.
LoliTrack5是一款超級(jí)快速直觀(guān)的Windows軟件,用于2D和3D視頻跟蹤和動(dòng)物行為分析。簡(jiǎn)單地,從你的相機(jī)加載一個(gè)視頻文件到軟件,并開(kāi)始跟蹤。跟蹤是基于對(duì)比或背景減法(不需要標(biāo)記),并且具有豐富的工具模塊可用于深入分析動(dòng)物行為。
獨(dú)特的是,LoliTrack5可以在處理遮擋(即交叉軌跡)時(shí)識(shí)別和跟蹤自由放散的群體,如魚(yú)群、蟲(chóng)群或群體中未標(biāo)記動(dòng)物等。
LoliTrack5 的應(yīng)用:
·微孔板分析(如對(duì)斑馬魚(yú)分析)
·行為表型(病灶動(dòng)物)
·嚙齒動(dòng)物試驗(yàn)(例如在迷宮或露天野外試驗(yàn))
·群體行為(如昆蟲(chóng)、浮魚(yú)和微生物)
·移動(dòng)行為(例如在籠子,水族館和野外)
·社會(huì)和性行為(如IID和動(dòng)物取向)
使用方式:
LoliTrack5適用于大多數(shù)相機(jī)和視頻文件格式。只需用相機(jī)錄制一個(gè)視頻文件,并將視頻加載到軟件中開(kāi)始跟蹤。該軟件也具有視頻錄制和編輯工具,使用方便,一站式解決。
使用標(biāo)配或自備的視頻采集設(shè)備采集到動(dòng)物的運(yùn)動(dòng)圖像,導(dǎo)入到LoliTrack5中進(jìn)行識(shí)別和分析,即可輸出分析數(shù)據(jù),可分析參數(shù)包括如:位置、速度、加速度、方向、旋轉(zhuǎn)等。
產(chǎn)品特點(diǎn):
1.同時(shí)追蹤1-24只動(dòng)物(一個(gè)單位容器)
2.支持多個(gè)單位容器同時(shí)追蹤,如24、48、96孔板等
3.兼容大多是相機(jī)和視頻格式
4.具有豐富的分析工具集,可分析20+個(gè)數(shù)據(jù)參數(shù)
5.確定具體的身體點(diǎn)進(jìn)行運(yùn)動(dòng)和運(yùn)動(dòng)學(xué)研究
6.生成并導(dǎo)出數(shù)據(jù)參數(shù)和分布熱圖
7.具有可定制圖形的深度分析工具
8.可用頻率分析估計(jì)心率和鰓頻率
9.真正的三維跟蹤導(dǎo)出坐標(biāo)和三維路徑
10.批量分析多個(gè)視頻,節(jié)省時(shí)間
分析參數(shù):
1.加速度
2.移動(dòng)距離
3.速度和速度
4.激*/非激*時(shí)間和%
5.到區(qū)域中心的距離
6.在區(qū)域中花費(fèi)的時(shí)間和百分比
7.運(yùn)動(dòng)方向和方向
8.轉(zhuǎn)動(dòng)速度:移動(dòng)或方向的轉(zhuǎn)動(dòng)速度
9.動(dòng)物到區(qū)域中心的距離
10.個(gè)體間距離(IID)
11.平均個(gè)體間距離(AIID)
12.個(gè)體間距離中位數(shù)(MIID)
13.*近鄰距離(NND)
14.彎曲(即身體擺動(dòng)的角度,如尾拍頻率等)
15.前、后、中線(xiàn)中心和重心的原始和校準(zhǔn)的X/Y位置
軟件功能示例:
可以選擇單個(gè)的動(dòng)物進(jìn)行跟蹤和分析,而不是必須跟蹤所有的動(dòng)物。自定義名稱(chēng)和標(biāo)簽顏色,便于識(shí)別。還可以在視頻時(shí)間軸上選擇用戶(hù)自定義的時(shí)間間隔,以排除特定的視頻片段進(jìn)行跟蹤。
如果您想要分析特定感興趣區(qū)域內(nèi)的動(dòng)物行為,可以直接在視頻預(yù)覽中繪制任意數(shù)量的區(qū)域。對(duì)每個(gè)區(qū)域的行為進(jìn)行評(píng)分,并自動(dòng)導(dǎo)出每個(gè)區(qū)域的統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)。
識(shí)別特定的身體點(diǎn)(尾巴、頭部、中線(xiàn)中心、重心),并可以單獨(dú)跟蹤每個(gè)點(diǎn),用于研究運(yùn)動(dòng)學(xué)(尾部拍頻、身體振蕩等)或特定行為(方向或運(yùn)動(dòng)方向、轉(zhuǎn)彎速率等)。其他有用的工具包括根據(jù)位置、速度、加速度、活動(dòng)和轉(zhuǎn)彎速率生成動(dòng)物的中線(xiàn)和熱圖。
您可以將所有數(shù)據(jù)參數(shù)導(dǎo)出為.xlsx文件到Excel,只需單擊一次。導(dǎo)出每個(gè)參數(shù)或選擇你需要的參數(shù)。在導(dǎo)出的文件中,您
可以獲得單個(gè)動(dòng)物、動(dòng)物組以及每個(gè)用戶(hù)定義的測(cè)試單元和區(qū)域的分析數(shù)據(jù)和原始數(shù)據(jù)。在LoliTrack5中,一些參數(shù)也可以作為可定制或作為圖形導(dǎo)出。
通過(guò)兩個(gè)攝像頭或文件(立體技術(shù)),LoliTrack5提供了在空氣或水中的焦點(diǎn)動(dòng)物的真實(shí)3D視頻跟蹤,考慮到空氣到水的光傳輸因素。坐標(biāo)以及軌跡的數(shù)字3D模型可以以不同的格式導(dǎo)出,以便在其他軟件包中進(jìn)一步可視化或分析。
相關(guān)文獻(xiàn):
1) Alcaraz A J G, Baraniuk S, Mikulá?ek K, et al. Comparative analysis of transcriptomic points-of-departure (tPODs) and apical responses in embryo-larval fathead minnows exposed to fluoxetine[J]. Environmental Pollution, 2022, 295: 118667.
2) Di Cicco M, Di Lorenzo T, Fiasca B, et al. Effects of diclofenac on the swimming behavior and antioxidant enzyme activities of the freshwater interstitial crustacean Bryocamptus pygmaeus (Crustacea, Harpacticoida)[J]. Science of the Total Environment, 2021, 799:149461.
3) Wang X, Cheng E, Burnett I S, et al. Automatic multiple zebrafish larvae tracking in unconstrained microscopic video conditions[J]. Scientific reports, 2017, 7(1): 17596.
4) Henry J, Rodriguez A, Wlodkowic D. Impact of digital video analytics on accuracy of chemobehavioural phenotyping in aquatic toxicology[J]. PeerJ, 2019, 7: e7367.
5) 劉慧杰, 王從鋒, 劉德富, 等. 不同運(yùn)動(dòng)狀態(tài)下鳙幼魚(yú)的游泳特性研究[J]. 南方水產(chǎn)科學(xué),2017, 13(2): 85-92.
6) Cruz-Rosa S, Pérez-Reyes O. Titanium Oxide Nanoparticles as Emerging Aquatic Pollutants: An Evaluation of the Nanotoxicity in the Freshwater Shrimp Larvae Atya lanipes[J]. Ecologies, 2023, 4(1): 141-151.
7) Rountos K J, Gobler C J, Pikitch E K. Ontogenetic differences in swimming behavior of fish exposed to the harmful dinoflagellate Cochlodinium polykrikoides[J]. Transactions of the American Fisheries Society, 2017, 146(5): 1081-1091.
8) Nay T J, Johansen J L, Habary A, et al. Behavioural thermoregulation in a temperature-sensitive coral reef fish, the five-lined cardinalfish (Cheilodipterus quinquelineatus)[J]. Coral Reefs, 2015, 34: 1261-1265.